北京天則經濟研究所榮譽理事長茅于軾這兩年一直處於流言的風口浪尖上。網路上傳言茅于軾因收受美國反華勢力研究經費5600萬美元出逃，並已經驚動到兩國高層等等。11月12日茅于軾在《金融時報》撰文，披露了他〝被謠言〞所引發的風波真相內幕。
茅于軾在文章中寫到：大約兩年前網上造我的謠，說我拿了美帝五千多萬美元的反華經費，被中國政府通緝，躲進了美國大使館。幾周以前這樣的謠言再起，又增加了點內容，說此新聞是由紐約時報報道，得到香港明報的確認。還說兩國政府的高層正在就此事協商。
茅于軾還說，造謠的人對五千萬美元的分量沒有任何概念。事實上給一個人的特務經費一般是幾萬美元，頂多二三十萬美元。只有支持一個團體才用得到上百萬美元。至於上千萬美元，可以裝備一個全副武裝的連隊。
茅于軾在文章中表示，把美國看成〝亡我之心不死〞的敵人，在中國大有人在。但他認為，如果認真地回顧歷史，這種說法完全沒有根據。
他說，環顧全世界所有的國家，對中國最友好的應該就是美國。英、俄、德、法、荷，日都曾經佔有過中國的土地，美國不但沒有，還援助中國打敗日本。但是在南北朝鮮戰爭中，中共出兵幫助金日成南侵，把昔日的盟友當成了敵人。此後毛澤東宣傳美帝是頭號敵人，民眾都被矇騙。
茅于軾表示，現在沒有哪個中國政府官員還要埋葬美國的了。相反，中國人大量移民去美國，大中小學生都在學英文，大量留學生在美國念書。許多中共官員的子女都在美國居住，有的獲得綠卡，或已經成為美國公民。
2011年4月，大陸財新網刊登了茅于軾的《把毛澤東還原成人–讀〈紅太陽的隕落〉》長文，曆數毛澤東的罪惡，包括心理陰暗、姦淫婦女無數、搞階級鬥爭、因政治原因害死5000萬人、將國家領至崩潰邊緣等，文章用詞尖刻直白引起轟動。一些網站和論壇紛紛轉載，財新網翌日即刪除該文。
此後，因為這篇文章，有毛左開始在微博上舉報茅于軾，攻擊茅于軾，2012年，〝天則經濟研究所〞網站被關閉。同時，茅于軾仍依計劃赴美領取〝弗里德曼自由獎〞。茅于軾拿5千多萬美金經費躲到美國大使館的謠言在網路盛傳。
茅于軾先生得知獲獎后曾對美國媒體表示，價值25萬美元的獎金，將被捐給他主辦的兩個非政府組織，一個是[天則經濟研究所]，另外一個是扶貧基金。
在〝天則經濟研究所〞網站被關閉前，在中國網路上刊登的一篇文章批評該研究所受外國基金會操縱，是〝當代中國帶路黨的大本營〞，指稱天則經濟研究所是漢奸機構，被外國壟斷資本包養、經費來自外國、理論來自外國、只代表外國利益不代表中國利益。
今年10月，茅于軾再次被點名。一位據稱為出版業人士在網路上發帖，披露了一份國家新聞出版廣電總局一個內部會議的記錄，其中提到〝總局針對目前的出版形勢決定余英時、梁文道、許知遠、茅于軾、野夫、張千帆、陳子明、徐曉等人書籍不予以出版。
茅于軾10月13日在其新浪認證微博上發文說：〝從幾個來源都聽說出版總局要封殺一批學者的書籍。一個國家機關竟然敢冒天下之大不韙，公然對抗憲法，無視中央一而再，再而三地宣布依法治國，尊重憲法。到底我們的政府想幹什麼。令人懷疑。不能取信於民的政府如何能行善政？如何能維持穩定？在國際上如何取信於國際？在國際上立足？〞
該博文很快便遭到大陸網管的刪除。