馬英九的構想是，先從「三組雙邊」對話開始，所謂「三組雙邊」的「三組」是指，台灣和日本，台灣和大陸，以及日本和大陸。「三組雙邊」談過且成熟之後，逐步走向「一組三邊」，也就是台灣、大陸和日本一起坐下來談。

陪同馬英九視察彭佳嶼的包括國安會秘書長、內政部長、海巡署署長，以及多位立法委員，過程中台灣出動六艘軍艦、和數架幻象2000戰機護航。馬英九也當場勖勉海巡署護漁保釣有功人員及頒發加菜金。並和遠在東沙島和南沙太平島的台灣海巡署指揮部展開視訊對話。

有日本記者問到日本政府向民間購買釣魚台，台灣有什麼響應，馬英九說，日本過去取得釣魚台過程違反國際法，基本上是侵略、竊占的行為，台灣根本就不承認，這對台灣沒有任何拘束力。他希望日本承認有這個爭議的存在，大家誠懇設法解決爭議，否則爭議只會愈鬧愈大。

馬英九搭乘的直升機在下午一點半飛抵彭佳嶼之前，曾繞經東經123度的台灣和日本「防空識別區」邊界，是台灣的總統最靠近釣魚台的一次。